教會權柄的根源，是耶穌基督。祂是教會的始創者。祂把教會的權柄，託付祂的門徒說: 「我要把天國的鑰匙給你; 凡你在地上所捆綁的，在天上也要捆綁; 凡你在地上所釋放的，在天上也要釋放」(太十六: 19)。
初代的教會的挑戰在於如可把福音傳於外邦，另一個挑戰使徒權柄如何傳承。
關於福音傳於外邦，首要的問題是耶穌基督是誰？基督教的基本信仰是什麼？這個問題花300年的時間來解決，由無數的信仰會議才產第一信經:尼西亞信經(325AD)。再經亞他那修信經(367AD)、迦克墩信經(451AD)最後到使徒信經已是第八世紀的事。
至於聖經的正典的確定也經歷千年。舊約從摩西五經的寫作到瑪拉基書的完成，涵蓋約有一千年(主前一千四百年至四百年)，由二十五至三十位不同背景的作者合作寫成。舊約的正典(Canon)的定訂早在主前一、二百年就確認。新約福音書到啟示錄完成時間比較短，大約主後50年到主後90年。但新約聖經的定典過程反而複雜得多。主後367年，亞歷山大的主教亞那他修在他的《Festal Letter for Easter》把現在的二十七經卷毫無條件的列為正典。主後397年的大公教會會議才完全接納了這二十七經卷為正典。
教會的治理卻是最複雜。由初代教會的使徒權柄到早期教會的教父權柄到十六世紀宗教改革，教會的組織由主教制、代議制到會眾制。不同的組織各有不同的時空背景和不同的信仰認知。
但無論如何，歷史是由上帝在掌管。教會是承接主耶穌基督的救恩應許。耶穌基督才是教會權柄最重要的根源。